В девяностые годы прошлого века комплексы 9К72 «Эльбрус» почти не использовались в бою. Не более двух десятков ракет было выпущено в ходе нескольких локальных конфликтов. Одно из последних применений ракет Р-17 относится ко второй чеченской кампании. Имеются сведения о формировании в 1999 году специальной части, вооруженной «Эльбрусами». За последующие полтора года российские ракетчики произвели две с половиной сотни пусков, используя в том числе и ракеты с истекшим гарантийным сроком. Никаких серьезных проблем зафиксировано не было. По имеющимся данным, весной 2001 года комплексы 9К72 были переданы на хранение.